Sau khoảng mười tháng ngồi thiền, Bomjon đột nhiên mất tích ngày 11 tháng 3 năm 2006. Vì không có lời giải thích nào để lại nên một số người tin rằng Bomjon đã bị bắt cóc. Các tín đồ của Bomjon cho rằng có thể Bomjon đã đi sâu hơn vào trong rừng tìm một nơi yên tĩnh hơn để thiền định.[6] Cảnh sát đã hủy bỏ việc tìm kiếm Bomjon sau khi xác nhận không có khả năng về một vụ bắt cóc. Khá ngạc nhiên, chính quyền đã phong tỏa tài khoản ngân hàng của ủy ban địa phương, vốn đã có được hơn Rs. 600.000.[7]

Ngày 19 tháng 3, Chủ tịch của Om Namo Buddha Tapaswi Sewa Samiti (ONBTSS), Bed Bahadur Lama, và các đồng sự được cho là đã gặp Bomjon ở khoảng 3 kilômét (2 dặm) phía tây nam nơi thiền định của Bomjon. Họ kể rằng đã nói chuyện với Bomjon ba mươi phút và Bomjan đã nói "ở đây không có sự yên bình" và rằng mình sẽ quay trở lại sau sáu năm, hay khoảng năm 2011 hay 2012. Bomjon để lại lời nhắn cho cha mẹ, nói họ không nên lo lắng.[8][9]

Ngày 25 tháng 12 năm 2006, những người dân tại quận Bara phát hiện ra Bomjon đang ngồi thiền. Khi được hỏi, Bomjon lặp lại lời hứa sẽ dành sáu năm cống hiến cho đạo Phật. Một làn sóng du khách mới đổ tới chiêm ngưỡng và cầu nguyện tại nơi thiền định mới của Bomjon.[10][11]